В числе давних сторонников данной идеи находился и Юрий Андреевич Жданов. Его всегда отличали умение масштабно мыслить, видеть саму сущность стоявших проблем и, в то же время, удивительный прагматизм, способность учитывать реальную обстановку и адекватно на нее реагировать. Поэтому еще в 1958 г. он, в то время ректор Ростовского государственного университета, в соавторстве с другими известными учеными опубликовал статью в газете "Известия", в которой отсутствие объединяющего и координирующего научного центра на Юге России рассматривалось как серьезное упущение. В 1968 г. Ю.А. Жданов обратился к советскому руководству с письмом, в котором вновь обосновал необходимость создания в Ростове-на-Дону подобного научного центра.

    Однако в те годы было принято другое решение. По словам самого Ю.А. Жданова: "Мы ставили вопрос о региональном научном центре АН СССР. Однако Министр высшего и среднего специального образования СССР В.П. Елютин и Министр высшего и среднего специального образования РСФСР В.Н. Столетов в ходе обсуждения этого вопроса настаивали на создании научного центра высшей школы, так как иное могло привести к конфронтации между Академией наук и высшей школой, чьи позиции в регионе, традиционно, были крепкими. В.П. Елютин говорил, что в случае организации центра Академии наук рухнет база, которая была создана в высшей школе". В результате в 1969 г. был создан Северо-Кавказский научный центр высшей школы, сыгравший существенную роль в интеграции науки и высшего образования региона. Председателем Совета СКНЦ ВШ стал Ю.А. Жданов, внесший значительный вклад в становление этого учреждения.
    Ведомственные амбиции помешали созданию академического научного центра в Ростове-на-Дону, но у самой идеи появлялись все новые и новые сторонники, в том числе и в руководстве Академии наук СССР.
    В 1991 г. Президент АН СССР Г.И. Марчук, будучи в Краснодаре, высказался за "продвижение Академии наук на юг". Однако в тяжелые 1990-е годы России было не до создания новых научных учреждений. Академия наук и ее структурные подразделения с трудом решали в эти годы проблемы выживания, резко сократилось их финансирование, вызвавшее своеобразную "утечку мозгов", отток научных работников за рубеж и в другие сферы занятости. Между тем, после распада СССР на Юге России возникла серьезная "академическая брешь": в бывших союзных республиках осталось более 300 академических институтов.
    В начале нового века ситуация в стране стала постепенно меняться, что позволило вернуться и к данному вопросу. Немаловажное значение имели создание Южного федерального округа и поддержка со стороны полномочного представителя Президента Российской Федерации в ЮФО в решении данного вопроса. Сама этнополитическая и социально-экономическая обстановка, особенности развития Юга России обостряли потребность в создании такого научного центра, который смог бы взять на себя всеобъемлющий анализ проблем его развития. Интеграция регионального научного сообщества нуждалась в фундаментальной материальной, организационной, методологической и методической основе. Серьезный академический потенциал Закавказья и Украины также обуславливал необходимость развития тесного сотрудничества с академиями наук стран ближнего зарубежья, с учетом российских национальных интересов, особенно на Кавказе.
    В этой связи расширение присутствия РАН на Юге России и развитие фундаментальных исследований в регионе в интересах обороноспособности, инновационной экономики и социальной стабильности приобрело характер государственной задачи. В декабре 2002 г. Президиум и Общее собрание РАН приняли решение о создании Южного научного центра РАН в г. Ростов-на-Дону. Реализовалась идея, которую отстаивали многие известные деятели науки, образования и культуры не только региона, но и страны в целом.
    Создание Южного научного центра РАН было поручено академику Г.Г. Матишову.  Сегодня ЮНЦ РАН - ведущее академическое учреждение на Юге России. В его состав входят 5 институтов, сотрудники которых  успешно работают для совместного решения фундаментальных задач, приоритетных для мирового сообщества и развития Российского государства - его обороноспособности, политической стабильности, социально-экономического прогресса.